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La cotisation retenue pour le calcul du plafonnement en fonction de la valeur ajoutée est déterminée à partir de l'ensemble des cotisations de taxe professionnelle effectivement mises à la charge des entreprises (sauf la cotisation minimum).
Elle correspond au montant stricto sensu de la taxe professionnelle, c'est-à-dire à l'exclusion des taxes pour frais de chambres de commerce et d'industrie, des taxes pour frais de chambres de métiers et des frais de gestion y afférents, et son montant est corrigé afin de neutraliser les effets des variations de taux décidées par les collectivités territoriales.
Pour l'application du plafonnement, la cotisation prise en compte peut différer de la cotisation réellement due. Il s'agit en fait d'une cotisation recalculée à taux constants appelée la cotisation de référence (cf. case 30 de l'avis d'imposition).
Cette règle a été instituée afin de neutraliser pour l'État les conséquences du relèvement des taux d'imposition décidé par les collectivités territoriales, sur le coût des dégrèvements.
La cotisation de référence est égale, pour chaque établissement de l'entreprise, au produit de la base réelle d'imposition :
par le taux d'imposition de l'année 1995 ;
ou par le taux de l'année d'imposition s'il est inférieur à celui de 1995. Son montant figure sur l'avis d'imposition à la taxe professionnelle. La comparaison des taux d'imposition s'effectue pour chaque collectivité territoriale (ou établissement public pour la taxe spéciale d'équipement). S'agissant des communes membres d'un EPCI à fiscalité additionnelle, le taux commune + EPCI est apprécié globalement.
Les taux retenus pour calculer la cotisation de référence sont édités ligne 7 de l'avis d'imposition.
EXEMPLE DE CALCUL
Une entreprise a deux établissements implantés dans deux communes du même département. En 2004, sa valeur ajoutée s'élève à 500 000 € et son chiffre d'affaires à 100 millions €. Calcul du seuil de plafonnement : 500 000 × 4 % = 20 000 €.
Les bases de chacun de ses établissements sont les suivantes :
établissement situé dans la commune A : 500 000 € ;
établissement situé dans la commune B : 600 000 €.
Les taux d'imposition votés pour 1995 et 2004 sont les suivants :
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Calcul de la cotisation de référence (à taux constants 1995) :
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Montant de la cotisation de référence majorée des frais perçus au profit de l'État : 163 000 + (163 000 × 8 %) = 176 040 €.
Montant du dégrèvement : 176 040 € - 20 000 € = 156 040 €.
Le montant de la cotisation réelle majorée des frais perçus au profit de l'État, en l'absence de correction se serait élevé à : 184 000 + (184 000 × 8 %) = 198 720 € ; reste donc à la charge de l'entreprise une cotisation de 198 720 - 156 040 = 42 680 €.
(art. 1647 B sexies I ter du CGI)
Lorsqu'une commune est membre en 1995 et 2001 d'un groupement de communes dont la fiscalité s'ajoute à celle de la commune, les taux à retenir pour calculer la cotisation de référence pour la commune et le groupement à fiscalité additionnelle sont sélectionnés comme suit : on compare la somme des taux de la commune et du groupement de 1995 à celle des taux de la commune et du groupement de 2001, et on retient pour la commune et le groupement, les taux (ceux de 1995 ou ceux de 2001) dont la somme est la plus faible ;
Lorsqu'un EPCI à fiscalité additionnelle se crée (ou qu'une commune adhère à un EPCI existant) le taux retenu pour calculer la cotisation de référence du groupement est égal à la différence positive entre le taux communal de 1995 et le taux communal de 2001, dans la limite du taux voté par l'EPCI pour 2001.
Lorsqu'un EPCI perçoit, pour la première fois entre 1996 et 1999, la taxe professionnelle à la place de ses communes membres, le taux d'imposition retenu pour calculer la cotisation de référence pour cet EPCI est le plus faible des deux taux suivants :
soit le taux de taxe professionnelle appliqué au profit de l'EPCI ;
soit le taux d'imposition de 1995 dans la commune ou la somme des taux d'imposition de 1995 et des EPCI auxquels le groupement de communes se substitue.
Lorsque le taux de taxe professionnelle appliqué dans la commune au profit de l'EPCI qui perçoit la taxe professionnelle à sa place est en cours d'intégration fiscale progressive au plus tard depuis 1995, le taux d'imposition retenu pour calculer la cotisation de référence pour le groupement est le plus faible des deux taux suivants :
Lorsqu'un EPCI perçoit pour la première fois, à compter de 2001, la taxe professionnelle à la place de ses communes membres, le taux d'imposition retenu pour calculer la cotisation de référence pour cet EPCI est le plus faible des deux taux suivants :
soit le taux utilisé pour le calcul des cotisations éligibles au plafonnement l'année précédant la première année où le groupement perçoit la taxe professionnelle unique et majoré des écarts de taux positifs résultant du processus de réduction des écarts de taux ;
soit le taux effectivement appliqué au titre de l'année d'imposition s'il est inférieur.
La cotisation de taxe professionnelle de chaque établissement est majorée de la cotisation nationale de péréquation et des taxes spéciales d'équipement, perçues au profit :
de la région Ile-de-France (art. 1599 quinquies du CGI) ;
des établissements publics fonciers du Puy-de-Dôme, d'Argenteuil-Bezons et de la région grenobloise (art. 1607 bis du CGI) ;
de l'établissement public d'aménagement de la Basse-Seine (art. 1608 du CGI) ;
de l'établissement public de la métropole lorraine (art. 1609 du CGI) ;
de l'établissement public foncier du Nord - Pas-de-Calais (art. 1609 A du CGI) ;
de l'établissement public foncier Provence-Alpes-Côte d'Azur (art. 1609 F du CGI).
Lorsque les taux appliqués en 1995 pour le calcul des taxes sont inférieurs aux taux appliqués l'année d'imposition la cotisation de référence est calculée en fonction des taux de 1995.
Les cotisations perçues par l'établissement public d'aménagement de Guyane (art. 1609 B du CGI), par les agences de mise en valeur des espaces urbains de la zone dite des cinquante pas géométriques en Guadeloupe (art. 1609 C du CGI) et en Martinique (art. 1609 D du CGI) et par l'établissement public foncier de l'Ouest Rhônes-Alpes (art. 1609 E du CGI) ne pourront pas être prises en compte pour le calcul du plafonnement, aucun taux n'ayant été appliqué en 1995.
La cotisation à prendre en compte pour le calcul du dégrèvement correspond à l'ensemble des cotisations des établissements, majoré des prélèvements opérés au profit de l'État (art. 1641 du CGI), diminuée de l'ensemble des réductions et dégrèvements (dégrèvement pour diminution des bases, dégrèvement en cas de cessation d'activité en cours d'année et d'une manière générale tous les dégrèvements ou remises gracieuses).
Le dégrèvement d'office de 50 % applicable aux entreprises de transport sanitaire terrestre 
n'a pas à être imputé puisque les cotisations de référence figurant sur les avis d'imposition tiennent d'ores et déjà compte de ce dégrèvement (BOI 6-E-1-01).
En revanche, les cotisations de référence figurant sur les avis d'imposition ne sont pas diminuées du dégrèvement « camion » ou « autocar » . Ce dégrèvement ne doit pas non plus être déduit de la cotisation globale. Le plafonnement en fonction de la valeur ajoutée doit être calculé comme si aucun dégrèvement « camion » ou « autocar » n'avait été accordé à l'entreprise, ce qui lui permet de bénéficier d'un complément de dégrèvement.
Lorsque la cotisation de référence est applicable, les prélèvements au profit de l'État et les dégrèvements imputables sont recalculés en fonction de cette cotisation.
Les cotisations perçues au profit des organismes consulaires (chambres de commerce et d'industrie, chambres de métiers et les frais correspondants) ne sont pas prises en compte.
Cas particulier : demande d'intérêts moratoires.
Les dégrèvements prononcés au titre du plafonnement de la taxe professionnelle en fonction de la valeur ajoutée peuvent donner lieu au paiement d'intérêts moratoires lorsqu'ils ne sont pas accordés dans un délai de six mois à compter de la réception par l'administration d'une demande complète, c'est-à-dire conforme aux dispositions de l'article R. 197-3 du LPF.
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